Vor über 20 Jahren nahmen Außerirdische das erste Mal Kontakt mit der Erde auf. Daraufhin rechneten die Menschen mit einem feindlichen Angriff oder einem technologischen Fortschritt.
Die Kreaturen waren aber Flüchtlinge und wurden aus diesem Grund vorübergehend in einem Notauffanglager interniert - im District 9.
Nach Verhandlungen über die Zukunft der Außerirdischen haben die Nationen der Welt ein privates Unternehmen, die MNU, mit der Überwachung der ungeliebten Besucher beauftragt.
Der Konzern verfolgt jedoch nur ein Ziel, mit den Waffen der Aliens Profit zu machen. Zur Aktivierung benötigt man jedoch Alien-DNA.
Als sich der MNU-Agent Wikus van der Merwe mit einem mysteriösen Virus infiziert, das seine DNA verändert, wird er zum meistgesuchten und gleichzeitig verletzlichsten Mann der Erde.
