Das Abenteuer beginnt mit einem Kuchen. Kirby rennt mit diesem vor König Nickerchen und einem Waddle Dee weg. Diese drei rennen an Meta-Knight vorbei, der gerade ein Buch liest, als plötzlich am Himmel ein grelles Licht auftaucht. Als alle hochschauen erkennen sie, dass sich eine Art Portal aufgebaut hat.
Durch dieses fliegt ein Ufo in Form eines Schiffes, das jedoch in Schwierigkeiten zu sein scheint. Es raucht und es brechen verschiedene Teile ab und es fallen viele Zahnräder runter. Die vier Helden rennen schnell zur Absturzstelle, wo sich gerade eine Tür von Raumschiff öffnet. Kirby tritt mit seinen Freunden ein. Innen fínden sie einen bewusstlosen kleinen Außerirdischen, der auf dem Boden liegt. Dieser erwacht, steht auf und geht zu einem Kontrollbildschirm, der rot blinkt.
Er sieht, dass die fünf wichtigsten Teile des Kreuzers (das Segel, der linke und rechte Flügel, die Ruder und das Emblem), sowie alle 120 Zahnräder fehlen. Der Außerirdische namens Magolor ist traurig aber Kirby und seine Freunde versprechen ihm zu helfen. Und so beginnt ein unvergessliches Abenteuer...
