Col. John Sheppard und sein Team wurden auf einem Planeten der Pegasus-Galaxie durch eine Sprengfalle verschüttet. Um das Leben der Freunde zu retten, ist Dr. Samantha Carter, die mit der Daedalus im Orbit kreist, bereit, alles aufs Spiel zu setzen. Doch auch der Antiker-Stadt Atlantis, unter neuer Leitung des bürokratischen Richard Woolsey, stehen schwere Zeiten bevor.
Selbst wenn es gelänge, mit Hilfe der Athosianerin Teyla die mächtigen Wraith zu einer wagemutigen Kooperation zu bewegen, bleibt noch immer die Bedrohung durch den abtrünnigen Wraith Michael. Dessen grausame Gen-Experimente, mit denen er heimtückische Viren oder die furchterregenden Iratus-Menschhybriden entwickelt, werden immer mehr zur tödlichen Gefahr für die gesamte Allianz.
Zu allem Überfluss tauchen mysteriöse Aliens aus den Tiefen des Alls auf, die sich sehr für die hoch entwickelte Antiker-Technologie interessieren. Als schließlich ein Basisschiff der Wraith Angriffskurs auf die Erde nimmt, scheint das Schicksal der Menschheit besiegelt...
Episoden:
Disc 1:
01 Such- und Rettungsaktion
02 Der Keim
03 Gelöste Fesseln
04 Die Daedalus Variationen
Disc 2:
05 Geist in der Maschine
06 Der Schrein
07 Geflüster
08 Die Königin
Disc 3:
09 Fährtensucher
10 Erster Kontakt
11 Der verlorene Stamm
12 Aussenseiter
Disc 4:
13 Inquisition
14 Mutterliebe
15 Überreste
16 Eiszeit
Disc 5:
17 Infektion
18 Identität
19 Vegas
20 Feind in Sicht